Margje de Koning se je po končanem študiju dvanajst let ukvarjala z režijo dokumentarnih filmov za različna televizijska podjetja. Nekaj let je kot profesorica na Univerzi v Amsterdamu tudi poučevala o dokumentarnih filmih. Avgusta 2004 je postala urednica pri 52’ docs, kar je pomenilo produkcijo in koprodukcijo kreativnih dokumentarnih filmov o sodobnih družbenih, družbeno-kulturnih in moralnih vprašanjih z močnim poudarkom na človekovih pravicah. V ospredju so bile nizozemske teme, seveda pa tudi zgodbe z drugih delov sveta. Od januarja 2005 je bila odgovorna za televizijski oddelek na javni radiotelevizijski hiši IKON, januarja 2012 pa postala tudi vodja TV-programov, radia in novih medijev. Januarja 2016 je prevzela vlogo vodje dokumentarnih filmov za EOdocs, ki se ukvarja s filmi iz človekovih pravic, filozofije, vere, okolja ipd. Septembra 2019 je zapustila javno radiotelevizijo, da bi prevzela umetniško vodenje filmskega festivala Movies that Matter.